文章目录前言一、登录二、建模复合物1.输入2.运行3.下载总结前言一、登录网址是https://protenix-server.com/login需要邮箱注册和登录二、建模复合物1.输入和AlphaFold3类似，好处是可以直接输入Ligand的SMILES了也是想建多少个附加的复合物都可以不过离子的需要查一下对应的CCD，比如二价铁是FE22.运行拖到输入界面最下面，可以设置参数，一般默认，点submit就行，会跳出人机验证，点一下就好了3.下载过几分钟，点界面左边的Prediction History，然后点dowload就能下载自己的结果了结果的文件也和Alphafold3类似