无需编写一行代码点击鼠标即可获得从原始数据到表达矩阵的完整分析结果。HiOmics 云平台的零代码转录组在线分析工具迎来了重要更新本次升级后新增了对热门模式生物——斑马鱼Danio rerio的支持。此前该平台已支持人、小鼠、大鼠和马来穿山甲的转录组数据分析。此次扩展旨在为发育生物学、遗传学、毒理学等广泛使用斑马鱼作为模型的研究领域提供极大便利。01 工具简介HiOmics 在线转录组分析工具致力于让生物信息学分析变得前所未有的简单。研究人员无需具备编程背景仅需上传数据并点击鼠标即可自动化完成二代双末端 RNA-seq 数据的全套分析流程。该流程涵盖了数据质量控制参考基因组比对样本相关性分析主成分分析基因表达定量最终输出标准化的基因表达矩阵可直接用于下游的差异表达分析。02 如何使用三步开启分析使用该工具您只需要完成三个核心步骤。第一步准备并上传数据您需要准备两种文件1. 样本描述文件一个包含四列的表格用于告知系统您的样本信息。第一列样本名称第二列双端测序的第一个文件名第三列双端测序的第二个文件名第四列样本分组名称2. 原始测序文件即样本描述表中列出的所有.fq.gz或.fastq.gz文件。请确保这些文件已全部上传至平台的同一目录中。第二步设置参数在平台界面中主要需要设置一项参数物种名称在列表中选择您的数据对应的物种。现在您可以在列表中看到并选择“斑马鱼”。按需选择第三步提交并获取结果设置任务名后提交分析。您可以在“我的项目”中查看任务进度。分析完成后所有结果将打包供您下载。输出结果为03 分析结果产出全面报告直观分析任务完成后您将获得一个结构清晰的结果压缩包解压后主要包含以下内容1. 质量控制报告提供原始数据及质控后数据的详细统计包括各样本的测序量、Q20/Q30比例、GC含量等并以 HTML 报告形式直观展示。2. 比对统计结果展示各样本测序数据比对到指定参考基因组如斑马鱼的效率和统计信息。3. 表达定量与样本评估这是核心结果部分包含样本相关性热图评估样本间表达模式的相似性。主成分分析图可视化展示样本组间的聚集与分离情况评估实验重复性。基因表达矩阵提供 RAW原始计数、FPKM 和 TPM 三种标准化格式的表达矩阵满足不同下游分析需求。04 技术栈与参考文献该分析流程集成了业界广泛认可的软件确保分析的可靠性与专业性包括 FastQC、MultiQC、Fastp、HISAT2、featureCounts 等。在您发表研究成果时可参考引用 HiOmics 平台的相关论文Li W, Zhang Z, Xie B, et al. HiOmics: A cloud-based one-stop platform for the comprehensive analysis of large-scale omics data. Comput Struct Biotechnol J. 2024;23:659-668.05 总结无论是专注于斑马鱼发育机制还是利用其进行药物筛选、基因功能研究HiOmics 新增的斑马鱼转录组分析功能都能为您省去繁琐的生信分析搭建和学习时间。让您更专注于科学问题本身将复杂的计算交给平台。HiOmics在线转录组分析工具https://henbio.com/tooldetail?id421目前支持人、小鼠、大鼠和马来穿山甲新增支持斑马鱼物种。立即体验您可以通过访问 HiOmics 云平台官网在线使用该零代码转录组分析工具开启您的高效分析之旅。